1332 (1916)'de Trabzon'un Of ilçesinde doğdu. Kendisi Of'un Bölümlü Kasabasından olup ilk tahsilini dıştan bitirerek Hıfzını Babasından ikmal etti. Sonra kıraat ve feraiz ilimlerini meşhur hafızlardan (kurra) Hacı Hafiz Mehmet Rüştü Aşık KUTLU'dan, Arapça İlimlerini Oflu Dersiâm Hacı Dursun GÜVEN Hoca Efendiden ikmal etti. Özel olarak yurdun muhtelif yerlerinde dini görevlerde bulunduktan sonra 5.8.1949'da Yozgat Vâizliği ve Kur'ân Kursu Öğreticiliği'ne, 30.6.1950 tarihinde Yozgat Müftülüğü'ne vekalaten, 9.1.1951 tarihinde de aynı İl Müftülüğü'ne tayin edildi. Yozgat imam-Hatip Okulu'nun açılışında katkılar bulunan Hüseyin Avni BAYRAKTAR dışarıdan imam-Hatip Okulu Kur'ân-ı Kerim ve Arapça ile Din-i Bilgiler derslerine öğretmen olarak girdi.
Bu görevde iken isteği ile 10.2.1958 tarihinde Alasehir ilçe Müftülüğü'ne naklen tayin edildi. Buradan da 9.6.1958 tarihinde emekli oldu.
Evli dört çocuklu olup, Arapça ve Farsça'nın yanısıra Kur'ân-ı Kerim ilimlerine vakıf (hafiz) Hüseyin Avni BAYRAKTAR'ın ilimizde yetişdirdiği pek çok öğrencileri mevcuttur.